Il est composé de représentants des élèves et étudiants (au nombre de 6), des parents d’élèves, de personnels enseignants, d’éducation et de surveillance, de personnels administratifs et de service, de professionnels agricoles, de maître de stage et d’un représentant de la commune sur laquelle se situe l’EPL. Il est présidé par le chef d’établissement, ou à défaut par son adjoint.
Il examine les questions qui lui sont soumises par son président, par le conseil d’administration ou un quart de ses membres.
Il élabore le règlement intérieur de l’établissement et délibère sur tout sujet pédagogique, culturel ou concernant le recrutement, la discipline générale, la sécurité, l’hygiène et en particulier sur l’organisation des stages, les projets d’orientation de l’exploitation agricole et sur la politique d’extérioration de l’établissement.
Il prépare la partie pédagogique du projet d’établissement.
Le Conseil Intérieur peut saisir le chef d’établissement des diverses questions intéressant la vie de la communauté et notamment de celles relatives à la discipline générale, à la sécurité et à l’hygiène.
Le Conseil crée toutes les commissions nécessaires à la vie intérieure du centre (commission menu, commission internat, commission vie scolaire, commission hygiène et sécurité, commission CDI….)

Un conseil de classe est institué auprès de chaque classe du lycée et des autres centres pour les formations diplômantes, sous la présidence du chef d’établissement ou de son représentant.

Sont membres du conseil de classe:

• Les personnels enseignants, d’éducation et de surveillance de la classe,
• Les deux délégués des parents d’élèves de la classe désignés par le chef d’établissement
• Les deux délégués élèves de la classe élus au scrutin uninominal à deux tours en début d’année scolaire (en octobre)

Lorsqu’ils ont eu à connaître du cas personnel d’un ou plusieurs élèves de la classe:

• Le CPE
• L’infirmière
• Le directeur d’exploitation agricole ou de l’atelier technologique si besoin,
• Le conseiller d’orientation psychologue.

Le conseil de classe se réunit au moins trois fois par an (une fois par trimestre) et chaque fois que le chef d’établissement le juge utile. Il examine les questions pédagogiques intéressant la vie de classe, notamment les modalités d’organisation du travail personnel des élèves.
Sur la base de l’évaluation des résultats scolaires établit dans le cadre du suivi pédagogique des élèves, le conseil de classe examine le comportement scolaire de chaque élève afin de mieux le guider dans son travail et ses choix d’études en prenant en compte l’ensemble des éléments d’ordre éducatifs, médicaux et sociaux.
Le conseil de classe examine dans les mêmes conditions les propositions d’orientation ou de redoublement élaborées par le conseil des professeurs et après qu’il ait pris en compte tout élément d’information complémentaire à la demande ou avec l’accord de la famille ou de l’élève majeur, il arrête les propositions d’orientation qui sont ensuite notifiées par le chef d’établissement à la famille (et à l’élève majeur).

Le Conseil des délégués est composé des délégués élèves élus au conseil d’administration, au conseil intérieur, au conseil de classe du Lycée, des élèves représentants de L\'ALESA. Il donne son avis et formule des propositions sur les questions relatives à la vie et au travail scolaire. A ce titre il examine, notamment à l’occasion de l’élaboration ou de la révision du projet d’établissement et du règlement intérieur de l’établissement, les questions suivantes :

• L’organisation du temps scolaire,
• Les modalités générales de l’organisation du travail personnel et du soutien des élèves,
• L’information liée à l’orientation et portant sur les études scolaires et universitaires, sur les carrières professionnelles,
• La santé, l’hygiène et la sécurité,
• L’information des élèves sur le rôle des délégués et la formation à la fonction de délégué des élèves en collaboration avec les Conseillers Principaux d’Education. 

Le Conseil des délégués donne son avis sur le programme des associations qui ont leur siège dans l’établissement. Il se réunit sur convocation du chef d’établissement du lycée au moins trois fois par an. Il est en outre réuni en séance extraordinaire à la demande de la moitié de ses membres sur un ordre du jour déterminé. Il peut créer en son sein des groupes de travail sur des sujets définis.
Ses avis et ses propositions sont communiqués au conseil intérieur et au le conseil d'administration de l’établissement public local.